Кубинский крокодил в естественных условиях встречается на острове Исла де ла Хувентуд и в болоте Сапата — это самый маленький ареал среди всех видов отряда крокодилов, за исключением, может быть, только ареала китайского аллигатора.
Кубинский крокодил имеет ряд особенностей, выделяющих его среди других крокодилов: более яркую окраску, длинные и сильные ноги, покрытые крупной чешуёй. Из-за характерного узора на коже, состоящего из жёлтых и чёрных пятен, этот вид иногда называют жемчужным крокодилом. Живот более светлый, без чёрных вкраплений.
Морда довольно короткая и широкая, позади глаз имеется костяной гребень. Известны черепа кубинских крокодилов длиной 66 см и 67.7 см, принадлежавшее представителям данного вида, обитавшим в плейстоцене.
Это мелкие или средние по размерам крокодилы. Типичные взрослые особи кубинских крокодилов 2.1-2.3 м в длину и весят около 40 кг. Самки, как правило, несколько меньше самцов.
Расчет силы укуса плейстоценового кубинского крокодила с 66 см черепом показывает, что она могла достигать 11803-23040 Н, что эквивалентно силе тяжести в 1204.4-2351 кг.
Кубинские крокодилы предпочитают пресные водоёмы, но, как и другие настоящие крокодилы, могут жить и в солоноватой воде. Кроме того, они считаются самыми сухопутными современными крокодилами — кубинские крокодилы проводят гораздо больше времени на суше, часто передвигаясь так называемой «крокодильей высокой походкой» (когда живот не касается земли) и даже способны довольно высоко прыгать, отталкиваясь от земли. На своих длинных конечностях они способны развивать скорость свыше 17 км/ч и в течение небольшого периода времени преследовать жертву или противника.
Кубинские крокодилы — крайне агрессивные животные даже по меркам настоящих крокодилов. Возможно, это самый агрессивный представитель семейства, наравне с гребнистым крокодилом. При совместном содержании в неволе или при пересечении в дикой природе, кубинские крокодилы поведенчески доминируют над гораздо более крупными острорылыми крокодилами.
Однако, несмотря на высокий уровень агрессии, кубинский крокодил — это, возможно, самый «умный» вид среди современных крокодилов.
В молодом возрасте кубинские крокодилы поедают мелких ракообразных и насекомых, по мере роста переходя на более крупную добычу. Взрослые крокодилы этого вида питаются рыбой, моллюсками, рептилиями (в частности, черепахами и кайманами), млекопитающими.
На охоте они способны выпрыгивать довольно высоко из воды, подобно другим крокодилам. Порой собираются в большие группы с чёткими иерархическими отношениями для совместной охоты.
Самцы кубинских крокодилов становятся половозрелыми в возрасте 6 лет при общей длине около 197 см. Самки также достигают половой зрелости в возрасте 6, реже — 7 лет. Период спаривания длится с мая по июль. Считается, что этот цикл напрямую связан с изменениями окружающей среды, такими как количество осадков и окружающая температура. Самка откладывает как правило 30—40 яиц, каждое из которых весит в среднем 112 грамм и примерно 5-7.6 см в в длину. В естественных условиях для кладки она роет яму неподалеку от воды и покрывает её опавшими листьями. Однако, в неволе наблюдалось строительство гнезда в виде кургана, что позволяет предполагать зависимость выбора способа кладки от условий окружающей среды и наличия материалов для гнезда.
Инкубация яиц длится 58-70 дней и вылупление детенышей происходит в период с конца августа до начала сентября. Как и в случае с другими крокодилами, пол детенышей определяется температурой в гнезде. Самцы появляются только тогда, когда внутренняя температура в гнезде равна 30-32 градусам по Цельсию, в то время как самки развиваются при температурах выше или ниже данной отметки.
Кубинский крокодил занесён в Красную Книгу как находящийся под угрозой вымирания вид. Ограниченный ареал делает его очень уязвимым.
Внешние отличия кубинского крокодила от других представителей своего отряда заключаются в относительно короткой и широкой морде, костяному гребню позади глаз и необычно длинных ногах, покрытых крупными ороговевшими пластинами-чешуями. Кожные чешуи у кубинских крокодилов очень крупные, что делает их кожу менее ценной, чем у родственных рептилий. Длинные ноги указывают на то, что крокодил много времени проводит на суше, и даже способен добывать себе пищу с их помощью.
Среди особенностей размножения этой рептилии можно отметить способность скрещивания с другими представителями отряда, проживающими в пределах ареала - с сиамским и острорылым крокодилом. При этом гибридное потомство вполне жизнеспособно и может размножаться.
Продолжительность жизни неизвестно, предполагается, что в естественной среде кубинские крокодилы могут прожить 70-80 лет.