Монастырь находится в 16 км от Алушты, между Бабуганом и Синабдагом в Центральной котловине Крымского государственного заповедника. Монастырь был основан около целебного источника Савлух-су ("здоровая вода"), в месте, где, по преданию, были убиты святые бессребренники Косьма и Дамиан.
Вера в целебные свойства вод источника св. Косьмы и Дамиана зародилась задолго до возникновения монастыря. Существуют легенды, по которым врачи Косьма и Дамиан, жившие близ Рима во второй половине III в., за христианскую веру были сосланы в Таврию, бывшую тогда провинцией и окраиной Римской империи. Здесь они продолжали исцелять больных, не беря при этом платы. Прославились чудесами, одно из которых - появление целебного источника по испрошению у бога.
В 20-х гг. XIX в., на средства графини Софьи Потоцкой биюк-ламбатскими татарами у источника был построен сарай для пристанища паломников, а в 50-х гг. XIX в. симферопольским купцом, получившим исцеление от болезни после купания в источнике, был поставлен над ним сруб с образами Косьмы и Дамиана.
Возникновение православного монастыря в честь св. Косьмы и Дамиана связано с именем архиепископа Херсонского и Таврического Иннокентия, в миру Ивана Алексеевича Борисова (1800-1857), прозванного современниками "русским Златоустом". В 1856 г. с благословения архиепископа Иннокентия под руководством игумена Макария началось обустройство киновии. Но смерть лишила Иннокентия возможности увидеть созданную им киновию у подножия Чатырдага. Архиепископ умер 26 мая 1857 г., а Косьмо-Дамиановская киновия официально освящена была 10 сентября 1857 г.
Первым настоятелем в Косьмо-Дамиановскую киновию был назначен иеромонах Макарий, в миру Михаил Пруцкий, правивший обителью в течение 19 лет и оставивший о себе добрую память не только в обители, но и во всем Крыму. На долю о. Макария и "монахов-первопроходцев" - основателей монастыря выпали тяжелые испытания. Однако настойчивый труд отшельников преодолел все препятствия. В 1869 г. была построена деревянная церковь во имя св. Бессребренников Косьмы и Дамиана. Монастырь имел 34 десятины и 1754 кв. саженей земли. Постепенно, несмотря на финансовые трудности, монастырь стал расти.
В 1878 г. монастырь дважды посетил цесаревич Александр Александрович (будущий император Александр III), а в 1880 г. он посетил монастырь вместе со своей супругой Марией Федоровной.
В 1899 г. мужская киновия по указу Св. Синода была преобразована в женский общежительный монастырь. Первой настоятельницей была игуменья Варсонофия, в миру Ксения Акулова. В 1903-1905 гг. была устроена каменная подпорная стена для укрепления террасы, но которой стояла церковь св. Косьмы и Дамиана. В 1913 г. к 300-летию Дома Романовых над источником была возведена часовня.
5 октября 1923 г. Косьмо-Дамиановский монастырь был ликвидирован. Монастырь со всеми угодьями перешел во владение Крымгосзаповедника, а монашки бывшего монастыря, заключив договор с заповедником, создали сельскохозяйственную артель. В здании Преображенской церкви решено было устроить клуб, а в Косьмо-Дамиановском храме - естественно-исторический музей.
Монастырь восстановлен в служении 29 июля 1992 г. Храмовый праздник проводится ежегодно 1 июля. 26 апреля 1994 г. был подписан документ о передаче Симферопольскому и Крымскому епархиальному управлению в безвозмездное пользование расположенное на территории Крымского государственного заповедника здание часовни бывшего Косьмо-Дамиановского монастыря с источником, земельный участок бывшего Косьмо-Дамиановского монастыря.
